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Empleo de regresión logística binomial en la detección de HLB en árboles de limón persa con el estudio de variables de clasificación y numéricas

USE OF BINOMIAL LOGISTIC REGRESSION IN THE DETECTION OF HLB IN PERSIAN LEMON TREES WITH THE STUDY OF CLASSIFICATION AND NUMERICAL VARIABLES

Froylan Rodríguez Novoa
Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, México
Martha Elva Ramírez Guzmán
Colegio de Postgraduados, México
Ernesto Sánchez Sánchez
Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, México
Edgardo Cortez Mondac
Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, México
Sergio Humberto Chávez Franc
Colegio de Postgraduados, México

Empleo de regresión logística binomial en la detección de HLB en árboles de limón persa con el estudio de variables de clasificación y numéricas

Revista Iberoamericana de Tecnología Postcosecha, vol. 25, no. 1, p. 51, 2024

Asociación Iberoamericana de Tecnología Postcosecha, S.C.

Received: 24 April 2024

Accepted: 28 May 2024

Published: 30 June 2024

Resumen: Debido a la rápida expansión del El HLB (Huanglongbing) o "enverdecimiento de los cítricos", es causada por la bacteria Candidatus Liberibacter spp. (hay varias especies), que se transmite principalmente por el psílido asiático de los cítricos (Diaphorina citri), esta es la enfermedad más devastadora de los cítricos a nivel mundial, ya que provoca una disminución significativa en la producción de frutos, calidad y longevidad de los árboles, es esencial explorar alternativas para realizar un diagnóstico oportuno, así como una predicción en función de características fenológicas del árbol. En esta investigación, se llevó a cabo el uso de una regresión logística binomial utilizando variables de clasificación y numéricas en el manejo de huerta de árboles de limón persa, tales como: altura del árbol (m), ancho de la hoja (cm), número de frutos en 3 cortes: Junio, Octubre y Febrero, densidad de plantación siendo (4 = 4 m x 3 m; 5 = 5 m x 3 m; 6 = 6 m x 3 m), estas variables relacionadas con la evaluación de presencia o ausencia de síntomas de HLB. Se realizó el establecimiento de 9 tratamientos con 8 repeticiones, considerándolos en base a las dos variables de clasificación: fecha de cosecha y densidad de plantación. Con este modelo, podemos calcular la probabilidad que de acuerdo a ciertas características de la huerta se manifieste la sintomatología y haya presencia de HLB (representado por el valor 1 en la variable dicotómica), es posible comparar los valores reales con las pruebas PCR (Reacción en cadena de la polimerasa), que se realizaron a la huerta con anterioridad indicando si realmente se trata de HLB con los valores predichos por el modelo. Así se obtuvo un modelo estadístico, que se ajusta perfectamente al estudio, con esto encontrando diferencias significativas en el caso de densidad de plantación, altura del árbol, fecha de cosecha, ancho de hoja y número de frutos en la cosecha que fue altamente significativo, A menudo, nos enfrentamos a la necesidad de explicar, comprender, describir o prever los síntomas de HLB en los árboles de limón persa. En este contexto, se consideró más adecuado utilizar un modelo de regresión logística binomial para llevar a cabo este experimento encontrando como resultados alta diferencia significativa con árboles con mayor altura y ancho de hoja que son susceptibles a síntomas de HLB. Lo cual nos puede referir en la selección de cultivares de bajo porte y un ancho de hoja menor o realizar un manejo de poda adecuado.

Palabras clave: Huanglongbing (HLB), Candidatus liberibacter asiaticus, Diaphorina citri, regresión logística binomial, PCR.

Abstract: Due to the rapid expansion of HLB (Huanglongbing) or "citrus greening", caused by the bacterium Candidatus Liberibacter spp. (there are several species), which is transmitted mainly by the Asian citrus psyllid (Diaphorina citri), this is the most devastating disease of citrus worldwide, as it causes a significant decrease in fruit production, quality and longevity of the trees, it is essential to explore alternatives for timely diagnosis and prediction based on phenological characteristics of the tree. In this research, the use of a binomial logistic regression was carried out using classification and numerical variables in orchard management of Persian lemon trees, such as: tree height (m), leaf width (cm), number of fruits in 3 cuttings: June, October and February, planting density (4 = 4 m x 3 m; 5 = 5 m x 3 m; 6 = 6 m x 3 m), these variables related to the evaluation of presence or absence of HLB symptoms. Nine treatments were established with eight replications, considering them on the basis of the two classification variables: harvest date and planting density. With this model, we can calculate the probability that according to certain characteristics of the orchard the symptomatology is manifested and there is presence of HLB (represented by the value 1 in the dichotomous variable), it is possible to compare the real values with the PCR tests (Polymerase Chain Reaction), which were made to the orchard previously indicating if it is really HLB with the values predicted by the model. Thus, a statistical model was obtained, which fits the study perfectly, with this finding significant differences in the case of planting density, tree height, harvest date, leaf width and number of fruits at harvest which was highly significant, Often, we are faced with the need to explain, understand, describe or predict the symptoms of HLB in Persian lemon trees. In this context, it was considered more appropriate to use a binomial logistic regression model to carry out this experiment finding as results high significant difference with trees with greater height and leaf width that are susceptible to HLB symptoms. This can refer us to the selection of cultivars with low height and smaller leaf width or to an adequate pruning management.

Keywords: Huanglongbing (HLB), Candidatus liberibacter asiaticus, Diaphorina citri, binomial logistic regression, PCR.

INTRODUCCIÓN

El Huanglongbing (HLB) es una enfermedad bacteriana provocada por la α-protobacteria "Candidatus liberibacter spp.", una bacteria Gram negativa que se desarrolla y se desplaza a través de los poros de los tubos cribosos, limitando el flujo de productos fotosintéticos en el floema. Se conocen tres especies que afectan a los cítricos: Candidatus liberibacter africanus, Candidatus liberibacter americanus y Candidatus liberibacter asiaticus, siendo esta última la presente en México y transmitida principalmente por el insecto vector Diaphorina citri. Los cítricos más susceptibles son la naranja dulce, la mandarina y los híbridos de mandarina. En México, se observa una mayor severidad de síntomas en naranja dulce (Citrus sinensis), en comparación con limón persa (Citrus x latifolia). Actualmente, no existe una cura para el HLB, y el manejo se centra en el control de la plaga y la detección de la bacteria Candidatus liberibacter spp. mediante métodos moleculares como la Reacción en Cadena de la Polimerasa en Tiempo Real (QT-PCR). Aunque el QT-PCR es altamente sensible, su uso en campo resulta costoso e impráctico.

Los árboles afectados pueden mostrar síntomas como amarillamiento asimétrico de las hojas, brotes y ramas muertas, crecimiento atrofiado, reducción en la cantidad, calidad y caída prematura de los frutos. La enfermedad se propaga principalmente por el psílido asiático de los cítricos, un insecto que se alimenta de las plantas de cítricos y transfiere la bacteria, también puede transmitirse a través de injertos infectados, regularmente los árboles afectados mueren dentro de unos años, y la producción de frutos disminuye significativamente.

El efecto del HLB en la industria de los cítricos ha sido objeto de diversos estudios, aunque los datos cuantitativos y epidemiológicos disponibles aún son limitados. Investigaciones como la de Brlansky et al. (2009) han estimado el impacto basado en el número de plantas erradicadas y en los costos de control del vector en cítricos dulces.

En Brasil, las pérdidas de producción por HLB variaron entre el 41% y el 100% en cultivos de naranja dulce variedad Valencia, según Bassanezi et al. (2009). Asimismo, estos estudios determinaron una relación directa entre la producción y los efectos de la enfermedad, destacando una tendencia desfavorable y evidenciando que el impacto productivo también depende del manejo agronómico y la edad de los árboles.

En México, estudios de Salcedo et al. (2010) calcularon pérdidas en la cadena productiva de cítricos, con un 17.6% de disminución en la producción de limón mexicano y persa, y un 57.6% en naranja dulce, mediante métodos multivariados y epidemiología comparativa a 3 y 5 años.

Estos datos subrayan la gravedad del impacto de HLB en la producción citrícola y la importancia de investigaciones futuras para entender y manejar mejor esta enfermedad.

La regresión logística fue empleada de manera efectiva para detectar la presencia de síntomas de HLB a partir de las variables explicativas de un conjunto de predictores. Este enfoque es semejante a un modelo de regresión lineal, pero se ajusta a situaciones en las que la variable dependiente es dicotómica. Los coeficientes de regresión logística se pueden emplear para calcular la razón de probabilidad de cada variable independiente en el modelo. Por lo tanto, el objetivo del presente estudio fue utilizar un modelo de regresión logística binomial en la detección de HLB en arboles de limón persa con el estudio de variables de clasificación y numérica, ya que con esto se puede contar con un modelo que pudiera predecir la detección de HLB con variables explicativas.

MATERIALES Y MÉTODOS

Localización del experimento

El estudio se realizó en la huerta de limón persa situada en el campo experimental Ixtacuaco del INIFAP, Martínez de la Torre, Veracruz, México. Con una altitud de 112 msnm, entre las coordenadas 20° 02' 36'' latitud norte y 97° 05' 52.5'' latitud oeste.

Material vegetal y manejo de la huerta

La huerta en producción de limón persa presentó árboles de cinco años de edad con portainjerto limón Volkameriana (Citrus volkameriana), cultivados en un suelo arenoso-arcilloso, el manejo agronómico es realizado de manera uniforme, el riego es realizado por sistema de goteo con cintillas. La muestra fue constituida por 24 árboles de los cuales la mitad presentó sintomatología de HLB, de ahí se identificaron en 3 grupos de 8 árboles cada uno con diferentes marcos de plantación 4= 4x3; 5= 5x3; 6= 6x3 y estos con presencia o ausencia de síntomas de HLB por árbol respectivamente.

Variables respuesta

Para el caso de la altura del árbol se registró la altura total del árbol (m), partiendo desde el suelo, hasta las últimas ramas; para el ancho de la hoja se tomaron aleatoriamente 5 hojas de diferentes posiciones del árbol y se midieron con un vernier, así se obtuvo el promedio del ancho de las hojas por árbol, y en relación al número de frutos se realizó el conteo en tres periodos de cosecha (febrero, junio y octubre), se sumaron el total de numero de frutos por árbol.

Tratamientos

Los tratamientos para este experimento se definieron de la siguiente manera:T1= fecha de corte Febrero, densidad de plantación 4x3; T2= fecha de corte Febrero, densidad de plantación 5x3; T3= fecha de corte Febrero, densidad de plantación 6x3; T4= fecha de corte Junio, densidad de plantación 4x3; T5= fecha de corte Junio, densidad de plantación 5x3; T6= fecha de corte Junio, densidad de plantación 6x3; T7= fecha de corte Octubre, densidad de plantación 4x3; T8= fecha de corte Octubre, densidad de plantación 5x3; T9= fecha de corte Octubre, densidad de plantación 6x3.

Análisis estadístico

Los resultados del estudio fueron tabulados, y analizados con un diseño experimental completamente al azar, con 9 tratamientos y 8 repeticiones, el análisis se estableció mediante el modelo de la Regresión Logística Binaria (logit), con el siguiente modelo:

Variable respuesta (dicotómica)= HLB (1/ Sintomático); (0/ Asintomático)

Variables predictoras:

  1. X1= Fecha de corte: Febrero, Junio y Octubre

  2. X2= Densidad de plantación con tres niveles: 6 m, 5 m y 4 m

  3. X3= Altura del árbol (m)

  4. X4 = Ancho de la hoja (cm)

  5. X5 = Número de frutos

Para las medias de cada variable por árbol se organizaron por tratamientos y completamente al azar para un ANOVA y comparación de medias con Tukey (P=0.05). Los análisis se realizaron con R Studio.

RESULTADOS

De acuerdo a los resultados obtenidos en el cuadro 1. Se muestran las determinaciones de las variables evaluadas para el caso de clasificación (fecha de corte y densidad de plantación) y numéricas (altura del árbol, ancho de hoja y número de frutos) al realizar este estudio.

Cuadro 1
Resultados de las variables dicotómica y explicativas de los 9 tratamientos con 8 repeticiones en árboles de limón persa evaluados con presencia o ausencia de sintomatología de HLB.
NOFECHA DE COSECHADP(4x3;5x3;6x3)AA (m)AH (cm)NFTRATVD(HLB 1 o 0)
1FEBRERO42.36.34810
2FEBRERO42.15.95010
3FEBRERO42.47.14711
4FEBRERO42.26.34711
5FEBRERO42.16.24711
6FEBRERO42.37.14811
7FEBRERO42.67.24811
8FEBRERO42.374711
9FEBRERO52.17.24721
10FEBRERO52.37.14821
11FEBRERO52.26.64721
12FEBRERO52.66.44721
13FEBRERO52.36.24820
14FEBRERO52.77.44620
15FEBRERO52.25.94920
16FEBRERO52.46.24820
17FEBRERO62.15.64830
18FEBRERO62.25.94730
19FEBRERO62.56.24930
20FEBRERO625.64730
21FEBRERO62.17.14930
22FEBRERO62.36.84930
23FEBRERO62.56.34831
24FEBRERO62.26.94831
25JUNIO42.36.310940
26JUNIO42.15.911140
27JUNIO42.47.110641
28JUNIO42.26.310441
29JUNIO42.16.210541
30JUNIO42.37.110741
31JUNIO42.67.210741
32JUNIO42.3710641
33JUNIO52.17.210751
34JUNIO52.37.110951
35JUNIO52.26.610851
36JUNIO52.66.410651
37JUNIO52.66.410750
38JUNIO52.77.410550
39JUNIO52.77.410950
40JUNIO52.46.210850
41JUNIO62.15.610860
42JUNIO62.25.910660
43JUNIO62.56.210960
44JUNIO625.610760
45JUNIO62.17.110960
46JUNIO62.36.811060
47JUNIO62.56.310761
48JUNIO62.26.910861
49OCTUBRE42.36.38470
50OCTUBRE42.15.98770
51OCTUBRE42.47.18371
52OCTUBRE42.26.38171
53OCTUBRE42.16.28271
54OCTUBRE42.37.18271
55OCTUBRE42.67.28471
56OCTUBRE42.378271
57OCTUBRE52.17.28381
58OCTUBRE52.37.18481
60OCTUBRE52.26.68481
61OCTUBRE52.66.48281
62OCTUBRE52.66.48380
63OCTUBRE52.77.48280
64OCTUBRE52.77.48580
65OCTUBRE52.46.28480
66OCTUBRE62.15.68490
67OCTUBRE62.25.98290
68OCTUBRE62.56.28490
69OCTUBRE625.68390
70OCTUBRE62.17.18590
71OCTUBRE62.36.88690
72OCTUBRE62.56.38391
NO = Número de observación; FECHA DE COSECHA = Fecha de cosecha DP = Densidad de Plantación, AA = Altura del árbol; AH = Altura de la Hoja; NF = Numero de frutos tres cosechados; TRAT= Tratamientos; VD = Variable dicotómica.

Regresión modelo logit

Se realizó la regresión logística binaria en el cuadro 2 se muestran los resultados obtenidos en la estimación del modelo.

Cuadro 2
Resultados del ANOVA con las variables dicotómica y explicativas en árboles de limón persa evaluados con presencia o ausencia de sintomatología de HLB.
Resultados del ANOVA con las variables dicotómica y explicativas en árboles de limón persa evaluados con presencia o ausencia de sintomatología de HLB.

En el cuadro 2 se muestra las variables que forman parte del modelo que son significativas, tal como se observa a un nivel de significancia de α = 0.0001, en los casos de fecha de cosecha, ancho de hoja y número de frutos por tratamiento y para el caso de densidad de plantación y altura del árbol estas variables mostraron diferencia significativa con un nivel de significancia de α = 0.01, por tal razón las variables utilizadas son las adecuadas para la construcción del modelo.

Fecha de cosecha nos señala que el estimador es positivo y existe diferencia altamente significativa lo cual indica que al cosechar en el mes de Junio, existe mayor presencia de sintomatología de HLB, con un pvalue de 0.00289, lo cual coincide con la literatura citada, en donde indica que las condiciones ambientales en dicho mes son más propicias para la presencia del vector Diaphorina citri ya que el aumento de temperatura facilita la propagación de dicho insecto.

Para el caso de densidad de plantación es una variable de clasificación con tres nivel siendo estos 4 (mayor densidad), 5 (densidad intermedia) y 6 (densidad baja), el efecto es negativo según el estimador, y con un pvalue de 0.045, que es significativo, lo cual nos sugiere una relación inversa con respecto la sintomatología de HLB, por ende a mayor densidad de plantación la presencia del HLB, se reduce ya que la aumentar el número de árboles por superficie, entonces el hecho de tener una densidad de plantación mayor en cuestiones de manejo fitosanitario mejora la tolerancia a la enfermedad HLB.

De acuerdo a la altura de árbol, también el estimador presenta un efecto negativo, de igual forma una relación inversa con respecto a la sintomatología de HLB, con un pvalue de 0.4481, que es significativo, esto indica la presencia se ve manifestada con árboles de porte más pequeño y de acuerdo a las características de incidencia del insecto vector es lo que suele afectar árboles de con brotes jóvenes.

La variable numérica de ancho su estimador es positivo y así mismo la relación es directamente proporcional con la presencia de HLB, en los árboles de limón persa, se muestra con un p value de 0.00182, lo cual es altamente significativo, por lo tanto, conocemos que el insecto vector se ve favorecido con más follaje del árbol, esto implica que al tener árboles con hojas más anchas serán mayormente susceptibles a presentar síntomas de HLB.

Por último, la variable de número de frutos cosechados por árbol, siendo esta numérica presento un estimador negativo menor -0.9061, por ende, sugiere una relación inversa con respecto a la variable respuesta, así también con un p value de 0.00281, que es altamente significativo, esto se debe a que, si en un árbol al momento de la cosecha tenemos mayor cantidad de fruta la presencia de HLB, será menor esto debido a la que la huerta de limón persa presenta buen rendimiento por árbol.

Con frecuencia, nos encontramos con la necesidad de explicar, comprender, describir o predecir por que los árboles de limón persa presentan síntomas de HLB. En este contexto, una alternativa más apropiada para este experimento fue utilizar la regresión logística binaria, con este modelo podemos saber la probabilidad, dadas unas determinadas variables, de que se presente la sintomatología de que haya presencia de HLB (valor 1 de la variable dicotómica). Para evaluar el modelo, se puede comparar el valor real (si realmente es HLB) con el predicho por el modelo. Esto último se puede identificar en la Figura 1, que muestra la precisión del modelo para predecir ausencia o presencia de HLB, esto para el caso de las observaciones con valor “0” (ausencia de HLB), es un porcentaje de 89% de asertividad.

Grafica de predicciones del modelo
Figura 1
Grafica de predicciones del modelo

CONCLUSIONES Y DISCUSIÓN

La regresión logística no solo nos ayudó a evaluar la probabilidad de que ocurra si un árbol presenta síntomas de HLB, sino que también facilita la interpretación de cómo cambios en las variables independiente: altura de árbol, ancho de hoja, numero de frutos, densidad, se relacionan con cambios en la probabilidad del evento del presencia o ausencia de HLB. Esta capacidad de modelar las relaciones no lineales entre las variables y la probabilidad hace que la regresión logística sea una herramienta valiosa en el análisis de datos como puede ser predecir la presencia de HLB.

En consecuencia, con los resultados obtenidos aquellos clones que por características fisiológicas presentan menor altura, mayor ancho de hoja son más susceptibles a presentar la enfermedad de HLB, por ende, también la importancia de realizar un manejo adecuado de los árboles es para evitar favorecer las condiciones de propagación de la enfermedad y menor susceptibilidad.

Suscitar con los nuevos clones de limón persa, el que presente menor ancho de hoja siendo esto una característica, que permite tener una menor susceptibilidad de síntomas de HLB debido a la menor superficie foliar para el insecto vector, así como favorecer una poda adecuada eliminando ramas de brotes anteriores que pueden promover la propagación de la enfermedad HLB.

LITERATURA CITADA

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